Históricamente, el San Marcos le ha otorgado un lugar destacado a la educación física, destinándole más recursos y más tiempo que lo que suele ser usual en colegios de características similares.
El Departamento de Educación Física implementa un intenso programa orientado a promover el desarrollo psicofísico armónico y las conductas saludables de los alumnos a partir del Nivel Inicial, valiéndose para ello de juegos motores, gimnasia y deportes (fundamentalmente de equipos) que se realizan a lo largo de cada ciclo lectivo.
Las clases de educación física se dan en la sede central de San Isidro para los más pequeños. A partir de tercer grado comienzan a realizar las actividades deportivas en nuestro campo de deportes. Los sábados se lleva a cabo una intensa actividad de entrenamientos, de encuentros y de competencias intercolegiales.
Además de las mencionadas actividades intercolegiales la existencia de cuatro equipos (Houses) provee la estructura necesaria para la competencia intracolegial.
Dada la importancia de la actividad física en la formación del individuo y en la adquisición de valores tales como el fair play, el compañerismo, el respeto, el sacrificio y la solidaridad, es que nuestro Departamento tiene como premisa fundamental la participación de todos, más allá de las aptitudes individuales de cada uno, primando en la valoración del trabajo de los alumnos la superación personal.
La actividad anual suele dividirse en períodos donde tiene preponderancia alguna actividad o disciplina deportiva en particular. Así por ejemplo, los alumnos mayores comienzan con rugby / hockey / volley para luego realizar atletismo y terminar el año con fútbol / softbol.
El Departamento de Educación Física también organiza clínicas, talleres y charlas sobre otras disciplinas y sobre hábitos saludables. Asimismo, lidera las actividades campamentiles de vida en la naturaleza.