El San Marcos destina tiempo y recursos para que cada alumno actualice el potencial que posee. Por tal razón ha creado el Consejo de Orientación Escolar, un organismo auxiliar de la Dirección que contribuye a optimizar la formación integral de los alumnos, siendo su objetivo principal coparticipar en el proceso educativo teniendo en cuenta sus facetas intelectuales, afectivas y sociales.

Está conformado por psicólogas y psicopedagogas que trabajan en los distintos niveles identificando talentos y dificultades, previniendo situaciones indeseadas, asistiendo a los profesores, derivando casos a profesionales externos, orientando a padres o guiando a los alumnos para que optimicen su rendimiento.

Para cumplir con este cometido, se fijan los objetivos pertinentes para cada individuo o grupo involucrado, haciéndose un detallado seguimiento de los casos.

En el 2007 desarrolló y comenzó a poner en práctica el Proyecto de Atención a la Diversidad.